Eider Muniategi-Azkona a été maître de conférence en migration et identité culturelle (2006-2007), politique sociale (2009-2012), anthropologie sociale et culturelle (2011-2012) ainsi que maître de conférence en migration et santé (2012-2013) au programme Mater’s Program European Regional Health Systems à l’Université de Deusto, Bilbao.

Ses principaux intérêts de recherche ont été axés sur les migrations et les minorités sociales et ethniques ainsi que sur les questions liées à la politique sociale. Eider a bénéficié de la bourse de doctorat internationale du programme Sasakawa Young Leadership Fund (SYLFF) (2006-2009) et a organisé plusieurs bourses de visite: Centre for Refugee Studies, Université York, Canada (2008); Center for Comparative Immigration Studies, Université de Californie à San Diego (2009), et Center for Ethnic and Migration Studies, Université de Liège (2010-2011).